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长崎县是陆地起伏不平，海岸线错综复杂，由半岛、海峡、海湾、海口等形成，总长4,175公里，堪称全国第一。
由于海湾和海口比较多，所以有着丰富的自然和美丽的景观。县内有二个国立公园、二个国定公园和六个县立自然公园。有为数多达588个的小岛，海域面积是陆地面积的约25倍，相当于九州本土的总面积。
由于长崎县是地域宽广三面绕海的地形，壹歧和对马，长崎市和五岛，云仙周边和其他山地分别具有着三种不同气候。除了山岳地带以外整体上是温暖多雨的海洋性气候。
气温受到暖流的影响一年中的最高气温和最低气温的温差较小，平均摄氏16.6度。降水量年均2,000mm，是日本国内雨量较多的县。 | 
